FSC-projektisertifikaatti voidaan myöntää yksittäisille tuotteille, rakennuksille ja rakennelmille. Myös erilliset tapahtumat, kuten urheilukisat ja festivaalit, voidaan projektisertifioida.
Projektisertifikaatti myönnetään kertaluontoisille tuote- tai rakennusprojekteille. Se on voimassa lopullisesti.
Projektisertifikaatin saaminen edellyttää, että käytetyt materiaalit sekä eri toimijat ja toiminnot täyttävät vastuullisuuden kriteerit ja ovat joko kokonaan tai osittain FSC-sertifioituja. Sertifioinnin myötä rakennus tai tuote saa omalla lisenssikoodilla varustetun FSC-logonsa.
Projektisertifikaatteja on kahta tyyppiä: täyssertifiointi sekä osittaissertifiointi. Täyssertifioinnissa vähintään 50 prosenttia käytetyistä puumateriaaleista on oltava FSC-sertifioitua ja loput kontrolloiduista lähteistä. Täyssertifioinnissa FSC-materiaalien prosentuaalinen osuus on aina ilmoitettava. Osittaissertifioinnissa sertifiointi kohdistuu yksittäisiin rakennelman komponentteihin.
Projektisertifikaatteja on maailmassa tällä hetkellä noin 100. Kiinnostus FSC-projektisertifikaatin ympärillä kasvaa jatkuvasti.
Hernesaaren Löyly oli Suomen ensimmäinen FSC-projektisertifioitu rakennus. Löyly valmistui vuonna 2016.