FSC-projektisertifikaatti voidaan myöntää yksittäisille tuotteille, rakennuksille ja rakennelmille. Myös erilliset tapahtumat kuten urheilukisat ja festivaalit voidaan projektisertifioida.

Projektisertifikaatti eroaa alkuperäketjun sertifioinnista (Chain of Custody) siten, että se myönnetään kertaluontoisille tuote- tai rakennusprojekteille ja se on voimassa lopullisesti, kun taas Chain of Custody-sertifikaatti myönnetään tuotantolaitoksille aina viideksi vuodeksi kerrallaan jolloin ne voivat tuottaa sertifioituja tuotteita.

Projektisertifikaatin saaminen edellyttää, että käytetyt materiaalit sekä eri toimijat ja toiminnot täyttävät vastuullisuuden kriteerit ja ovat joko kokonaan tai osittain FSC-sertifioituja. Sertifioinnin myötä rakennus tai tuote saa omalla lisenssikoodilla varustetun FSC-logonsa.

Projektisertifikaatteja on kahta tyyppiä, täyssertifiointi sekä osittaissertifiointi. Täyssertifioinnissa vähintään 50% käytetyistä puumateriaaleista on oltava FSC-sertifioitua ja loput kontrolloiduista lähteistä. Täyssertifioinnissa FSC-materiaalien prosentuaalinen osuus on aina ilmoitettava. Osittaissertifioinnissa sertifinti kohdistuu yksittäisiin rakennelman komponentteihin.

Projektisertifikaatteja on maailmassa tällä hetkellä noin 100 ja kiinnostus rakennusten materiaalin vastuullisuudesta kertovan FSC projektisertifikaatin ympärillä kasvaa jatkuvasti.