FSC on voittoa tavoittelematon järjestö. Sen rahoitus perustuu jäsenmaksuihin ja sertifiointimaksuihin. FSC:n tavaramerkkilisenssien käytön valvonnasta ja hallinnoinnista kerättävällä lisenssimaksulla rahoitetaan tavaramerkkitoiminta. Lisäksi FSC Suomi saa hankerahoitusta erillisiin hankkeisiin. Vuosina 2020-23 rahoitusta on saatu Maj ja Tor Nesslingin säätiöltä Uhanalaisten lajien ns. korimallin kehittämiseen, Suomen metsäsäätiöltä metsästandardin viestintäkampanjaan erityisesti metsäasiantuntijoille, Metsämiesten säätiöltä koulutusmateriaalin luomiseen uudistuneesta metsänhoidon FSC-standardista, sekä kansainväliseltä FSC:ltä pienmetsänomistajille tarjottavien palveluiden kehittämiseen sekä FSC:n edistämiseen tekstiiliarvoketjussa.